一、制定《辦法》的背景
　　上海、北京等地區試點以來，為解決國航、東航、南航等航空運輸企業營改增期間增值稅繳納問題，稅務總局和財政部以財稅字文件下發了《總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》和《關于部分航空公司執行總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法的通知》，同時稅務總局還以公告的形式下發了稅收征管方面的《營業稅改征增值稅試點期間航空運輸企業增值稅征收管理暫行辦法》。上述三個文件互相配套，滿足了航空運輸企業總分機構繳納增值稅的政策和征管需要。文件的核心內容，是允許總機構匯總計算企業集團的應交增值稅，抵減分支機構已經繳納的增值稅和營業稅后申報入庫。
　　2013年8月1日“營改增”試點在全國推行后，航空運輸企業在各地的分支機構均納入了試點范圍，非試點地區分支機構繳納營業稅等問題已不存在，原有的政策和征管文件均需要修訂后重新下發。此外，此次納入試點的地區中，還有海航、川航、山航等航空運輸企業也面臨總分機構分離、需要匯總納稅的問題。
　　鑒于以上情況，11月1日，部局兩家聯合印發了《財政部 國家稅務總局關于重新印發〈總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法〉的通知》（財稅[2013]74號）和《財政部 國家稅務總局關于部分航空運輸企業總分機構增值稅計算繳納問題的通知》（財稅[2013]86號）。作為征管配套文件，《國家稅務總局關于發布〈航空運輸企業增值稅征收管理暫行辦法〉的公告》應進行了相應修訂。
　　二、《辦法》的適用范圍
　　本《辦法》適用于經財政部和國家稅務總局批準，按照《總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法》計算繳納增值稅的航空運輸企業。
　　三、《辦法》的主要內容
　　除了對航空運輸企業增值稅計算繳納問題進行細化之外，《辦法》主要明確了總分機構一般納稅人認定、分支機構稅款繳納情況如何傳遞、總分機構納稅期限、年終清算辦法以及風險防控等具體稅收征管問題。