一、 明確適用企業所得稅優惠的審核方式、申請程序及層級
　　本《公告》明確了企業申請享受西部大開發稅收優惠時采取企業自行申請，主管稅務機關審批確認的管理辦法。同時明確了首次申請的企業第一年需經主管稅務機關審核確認，第二年及以后年度企業適用優惠條件是否發生變化采取備案的方式加以管理。具體備案方法由西部地區國、地稅局根據本省實際確定，并將備案方法報總局備案。
　　《公告》第二條還明確了符合鼓勵類目錄的企業在月度或季度預繳時，按照15％的稅率申報，在年度匯算時，對其中部分企業其當年度主營業務收入達不到70％的，再按稅法規定的適用稅率重新計算申報。
　　二、 明確適用企業所得稅優惠的目錄范圍
　　鑒于財稅[2011]58號文件中規定的《西部地區鼓勵類產業目錄》
　　尚未頒布，《公告》第三條明確了在新目錄出臺前，企業可按《產業結構調整指導目錄（2005年版）》、《產業結構調整指導目錄（2011年版）》、《外商投資產業指導目錄（2007年修訂）》和《中西部地區優勢產業目錄（2008年修訂）》范圍15％稅率繳納，待《西部地區鼓勵類產業目錄》公布后，已按照15％稅率進行企業所得稅匯算清繳的企業，若不符合適用條件，需按照稅法規定的適用稅率重新計算申報。
　　三、 明確了五大產業項目的“兩免三減半”優惠的相關審核條件
　　財稅[2011]58號文件規定了“交通、電力、水利、郵政、廣播電視
　　企業”可以繼續享受企業所得稅“兩免三減半”優惠到期滿為止。《公告》第四條對上述企業在2010底前因尚未取得收入或尚未進入獲利年度而沒有按照國稅發[2002]47號文件第二條完成稅務機關審核手續的，可按照本公告的規定，履行相關手續后享受原稅收優惠。
　　四、 明確了總分機構享受西部地區優惠的原則及具體計算方式。
　　《公告》第六條明確僅對西部地區的分支機構所得單獨適用15％優
　　惠的原則，具體計算方式及分配比例則按照《國家稅務總局關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）和《國家稅務總局關于印發跨地區經營匯總管理企業所得稅征收管理暫行辦法的通知》（國稅發[2008]28號）文件規定執行。同時考慮到總機構匯總納稅的需要，規定了西部地區的分支機構在向其所在地的主管稅務機關提出申請并經確認后，該分支機構主管稅務機關應將確認情況函告總機構所在地主管稅務機關，以保證總機構所在地稅務機關及時掌握相關情況。