根據第十屆全國人大常委會第十八次會議通過修訂個人所得稅法的決定，國務院于2005年12月19日相應修訂了《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》（以下簡稱《實施條例》），明確了單位為個人繳付和個人繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、住房公積金（“三費一金”）從個人收入中扣除，不繳納個人所得稅。根據國務院的上述修訂內容，財政部、國家稅務總局聯合下發了《關于基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、住房公積金有關個人所得稅政策的通知》（以下簡稱《通知》），根據《通知》精神，單位為個人繳付和個人繳付的住房公積金從個人收入中扣除，不繳納個人所得稅。《通知》同時規定，住房公積金繳存標準高于《通知》規定標準的，其超標準部分要計征個人所得稅；地方擅自對超標準的住房公積金免稅的，財政、稅務機關應堅決予以糾正。這與依法治稅原則和個人所得稅調節收入分配的職能是一致的。
　　此前，由于個人住房公積金賬戶可以有條件取款，且《住房公積金管理條例》只規定了單位和個人繳納住房公積金的下限，上不封頂，導致不同地區、行業、企業住房公積金繳存情況差距較大，經濟落后地區、效益不好的企業甚至經常拖欠職工的住房公積金，一些效益較好的單位利用公積金免稅的政策，有意將一些應稅福利打入"住房公積金"賬戶逃稅。《通知》對住房公積金個人所得稅政策作出規范，一是有利于調節收入分配。對于超標準繳存公積金的發達地區、效益好的壟斷行業以及相對較高收入的群體應適當予以稅收調節，充分發揮個人所得稅的職能作用。二是有利于規范稅收政策。對于各地擅自將各類補貼、津貼納入住房公積金賬戶，進行逃稅的違規行為進行限制，增強稅法剛性。三是有利于各項政策的協調統一。《通知》按照建設部、財政部、中國人民銀行建金管[2005]5號文件繳存住房公積金的標準規定稅收政策，使住房公積金的稅收政策與公積金主管部門有關規定一致，保證了各項相關政策的統籌協調。
　　根據建設部、財政部、中國人民銀行下發的《關于住房公積金管理若干具體問題的指導意見》（建金管[2005]5號）的有關規定，設區城市（主要指地級市）單位和職工繳存比例最低不低于5%，最高不高于12%（合計繳存比例為10%至24%），繳存基數仍為職工本人上一年度月平均工資，同時，對高收入行業及個人繳存基數限制為不超過當地職工社會平均工資的2至3倍。